Kako bi osigurali kvalitetan i usporediv obrazovni sistem, te prohodnost učenika prema obrazovnim ustanovama u drugim dijelovima Bosne i Hercegovine, ali i obrazovnim ustanovama u zemljama Evropske unije, značajan dio aktivnosti Pedagoškog zavoda usmjerava se i koordinira od strane Agencije za predškolsko, osnovno i srednje obrazovanje Bosne i Hercegovine i Ministarstva civilnih poslova, odnosno Federalnog ministarstva obrazovanja i nauke, koji su kao institucije viših instanci vezani za strateške pravce razvoja obrazovanja u Bosni i Hercegovini na njenom putu integrisanja u Evropsku uniju.
Pedagoški zavod Zenica ima saradnju i sa drugim domaćim i stranim vladinim i nevladinim organizacijama koja se ostvaruje kroz implementaciju različitih projektnih aktivnosti koji doprinose unapređenju oblasti odgoja i obrazovanja na području Zeničko-dobojskog kantona.
